Предупреждение криптоспоридиоза обеспечивается прежде всего воздействием на ооцисты в животноводческих и птицеводческих комплексах, а также в больницах и детских учреждениях. Ооцисты весьма резистентны к воздействию различных химических веществ. Выраженный обеззараживающий эффект можно получать путем тщательной уборки помещений животноводческих ферм, включая механическое удаление навоза.
Важным мероприятием является целенаправленное исследование материала от больных с острыми кишечными инфекциями, а также здоровых людей с высоким риском инвазирования (контакт с больными, работа на животноводческих и птицеводческих комплексах) на наличие ооцист в фекалиях. За лицами, у которых выявлены ооцисты криптоспоридий, должно быть установлено тщательное медицинское наблюдение. В отношении них проводят те же мероприятия, что при лямблиозе, энтеробиозе и других инвазиях.
В плане мер личной профилактики с учетом фекально-орального механизма передачи криптоспоридий необходимо тщательное мытье рук, особенно после контакта с животными, употребление только кипяченой воды и термически обработанной пищи.